Pembanguanan bidang kesehatan di Kota Baubau diarahkan pada peningkatan derajat kesehatan dengan memberikan prioritas pada upaya peningkatan kesehatan masyarakat. Upaya perbaikan kesehatan masyarakat akan ditingkatkan melalui pemberanatasan berbagai macam penyakit, perbaikan gizi masyarakat serta pelayanan kesehatan ibu dan anak.
Data indikator sarana dan pelayanan kesehatan di Kota Baubau disajikan pada table di bawah ini dimana terlihat bahwa fasilitas kesehatan pada tahun 2019. Pada tahun 2019 jumlah rumah sakit 5. Fasilitas kesehatan lainnya yang ada di Kota Baubau. Informasi jumlah tenaga kesehatan tahun 2019 yakni : Dokter Spesialis sebanyak 16 orang, Dokter Gigi sebayak 17 orang, Dokter Umum sebanyak 37 orang.
Tabel Jumlah Dokter Spesialis,Dokter Umum,dan Dokter Gigi Menurut Sarana Pelayanan Kesehatan di Kota Bau-Bau, 2019
| Unit Kerja | Dokter Spesialis | Dokter Umum | Dokter Gigi |
| Puskesmas | 31 | 13 | |
| Rumah Sakit | 16 | 6 | 4 |
| Poliklinik Bhayangkara | |||
| Baubau | 16 | 37 | 17 |
Sumber/Source: Dinas Kesehetan Kota Baubau
Tabel Jumlah Sarana Kesehatan Baubau tahun 2019
| Fasilitas Kesehatan | 2014 | 2018 | 2019 |
| Rumah Sakit | 3 | 3 | 5 |
| Rumah Sakit Bersalin | 1 | 1 | 1 |
| Poliklinik | 2 | 3 | |
| Puskesmas | 16 | 13 | 15 |
| Puskesmas Pembantu | 12 | 14 | 11 |
| Apotek | 14 | 16 | 19 |
Sumber: BPS, Pendataan Potensi Desa (Podes)